Para realizar sus funciones el Concejo, esta organizado en Comisiones contempladas en los Artículos 313 de la Constitución Política de Colombia y 32 de la Ley 136 de 1994. El Concejo de Santiago de Cali se encuentra integrado por tres comisiones permanentes, tienen como principal propósito estudiar, aprobar o improbar en primer debate los diferentes proyectos de acuerdo sometidos a su consideración.

Las comisiones permanentes del Concejo son:  Comisión de Presupuesto, Comisión de Institutos Descentralizados y Entidades de Capital Mixto y Comisión de Plan y Tierras.  Cada comisión esta conformada por siete (7) Concejales y entre ellos, se elige el presidente y el vicepresidente. Todos los concejales deben hacer parte de las diferentes comisiones permanentes; ninguno podrá hacer parte de más de una comisión.